Il pregevole Crocifisso di San Leonardo è forse il più antico tra i numerosi Crocifissi venerati sul Gargano.
L'opera funge da ponte tra le icone con pittura e tecniche orientali e quello delle sculture nordiche d'Oltralpe, introdotte in Puglia prima da normanni e svevi e poi dagli angioini.

La commistione delle due culture diede vita ad una scuola di artisti locali che, con mezzi e tecniche proprie, originarono a loro volta una scuola di intarsiatori, ricordati anche nel X secolo da Floriano da Reims in un'opera in versi.

La scultura, delle dimensioni di metri 2,44 d’altezza per metri 2,20 di larghezza, fu ritrovata in un angolo del sacro edificio ma originariamente era collocato sul primo altare a destra della porta d'ingresso, dal lato Sud-Ovest, altare di stile barocco in seguito demolito con i restauri del 1947.

Per il restauro eseguito a spese dello Stato, venne trasportato a Roma nel 1957 e le spese di trasporto furono a carico del Comitato Cittadino, costituito nel 1955 e consegnato all'Istituto Centrale del Restauro.

Durante l’intervento sul corpo del Cristo e sul perizoma sono state rilevate tracce di pittura bianca, azzurra e rossa, una scoperta che convalida l'ipotesi che il Crocifisso di San Leonardo sia opera del periodo bizantino con influenza d'Oltralpe.

Nel 1958 fu inviato a Bruxelles per l'Esposizione Universale e stette qualche tempo nel Padiglione del Vaticano, attirando l'ammirazione di numerosi visitatori.

In seguito invece di essere riconsegnato alla chiesa di San Leonardo fu affidato in custodia alla soprintendenza dei beni culturali di Bari e in seguito esposto alla Pinacoteca provinciale presso il Castello Svevo di Bari.

Per anni sono state vane le proteste e le sollecitazioni da parte delle autorità ecclesiastiche, di associazioni culturali e della stampa.

Il 24 aprile del 1985 grazie all’interessamento del Centro di Documentazione Storica  e di altri cittadini dopo quasi trent’anni, ha fatto definitivamente ritorno a Manfredonia. Ora custodito gelosamente in una cappella della Cattedrale dove tutti lo possono ammirare e venerare.