Entrando dalla facciata principale, vediamo negli stipiti le croci di consacrazione, di cui quella a sinistra è fra le due lettere (F. P.). soffermandoci sulla soglia, ci sorprende la mancanza della navata destra, che, però corrisponde ad una specie di matroneo, ossia coretto: fu questo prima un lato esterno della Chiesa, come risulta dalla stessa muratura e dalle fondazioni.

Il pilastro, con colonne semiaddossate ed i diversi capitelli istoriati, non ha riscontro con gli altri, di diverso stile.

Alcuni affreschi e scudi crociati teutonici ci riportano alla metà del secolo XIII, quando vi giunsero i frati dell’Ordine Teutonico di Santa Maria di Prussia.Nella volta centrale troviamo un piccolo rosone (foro gnomonico) che il 21 giugno d’ogni anno da circa 10 secoli scandiscono attraverso gli undici “petali” l’ingresso del sole nel cancro in pratica il solstizio d’estate, alle ore 12 ora solare, il sole arriva nel punto più alto dell’emisfero e un fascio di luce disegna al centro dei due pilastri una corona luminosa in senso orario.

Dal rosone sul lato ovest intorno alle ore 16 del 21 marzo, equinozio di primavera e del 22 o 23 settembre, equinozio d’autunno, un fascio di luce taglia in orizzontale la navata sinistra disegnando una corona luminosa nell’abside.

Non vi è ora il solito altare centrale, di recente costruzione consacrato nel 1951 dal Vescovo di Lucera, Monsignor Vendola.

Tutti quelli che vi erano precedentemente, dando al tempio un aspetto confuso e disarmatico, per lo stile di cattivo barocco, furono rimossi durante i restauri: ed il materiale fu depositato in un locale attiguo, con alcuni ruderi delle più antiche costruzioni.

Una lapide all'interno, sulla porta centrale, ricorda la data di riapertura al culto (1950), dopo più di un secolo di totale abbandono. Un’opera pregevolissima è il grande Crocifisso ligneo del secolo XII, (m. 2,44 x m. 2,20) restaurato per interessamento della Soprintendenza ai Monumenti e alle Gallerie della Puglia e custodito nella Cattedrale di Manfredonia.