San Leonardo di Siponto

Qualunque sia l'origine della scelta del sito, è accettato che Manfredonia fu edificata ad un chilometro dal confine dell'antica Siponto.
L'ambito dell'urbe avrebbe dovuto chiudersi in un quadrato vastissimo tanto, da poter includere, oltre agli edifici pubblici, un caseggiato sufficiente a contenere circa 3000 famiglie. Inoltre sarebbe dovuta divenire residenza reale, come Napoli e Palermo, ed essere sede del Vicerè.

Su queste basi fu iniziata la costruzione nel 1256, e nel 1264 ebbe il nome di Manfredonia. La città fu cinta di mura e si iniziarono i lavori per la costruzione del Castello, verso il mare.
Carlo d’Angiò, nel 1266, unitamente al figlio, volle apportarvi delle modifiche, abbattendo parecchio del già fatto e impartendo direttive alquanto dissimili dal progetto primitivo. In tal modo l'Angioino tentava di cancellare ogni orma ed ogni ricordo dello sconfitto re Manfredi.
Alla città si poteva accedere da quattro porte praticate però in epoche differenti   e cioè dalla Portuale, che trovavasi accanto all'attuale Dogana; dalla Pugliese, che fu soppressa e sostituita dalla Porta di Foggia, in direzione del Corso Manfredi; dalla Montanara, oggi detta Porta Nuova e da quella di San Michele, posta all'ingresso della strada che conduce a Monte Sant’Angelo. Vi era infine la porta del «Boccolicchio», ovvero del piccolo boccale, che ancora oggi può ammirarsi in un'angusta stradicciuola, fra ruderi di mura sveve.
La città di Manfredonia, che secondo Re Manfredi doveva essere pari all'importanza delle capitali del Regno, da Carlo d'Angiò fu invece qualifica «Capitale delle Puglie», e col Gastaldo si chiamò semplicemente «Contea del Gargano».
In città, oltre al Duomo, furono eretti otto conventi alcuni dei quali sopravvivono ancora; numerose furono le chiese, fra cui qualcuna di una buona importanza artistica, mentre altre furono messe fuori dell'abitato, come Santa Maria di Siponto, Santa Maria dell'Umiltà, la badia di San Leonardo e le chiese di Santa Maria della Pace e di San Quirico, quest'ultima andata in seguito distrutta.
Degli arcivescovi di Manfredonia quattro furono cardinali, e tre pervennero al soglio pontificio. La città ebbe un palazzo Pretoriano detto Casa della Pubblica Cancelleria, un Episcopio, che fu iniziato nell'anno 1299 da Carlo II e compiuto da Roberto verso il 1316; il molo, che fu il più sicuro, rifugio e il più facile approdo del Gargano e dell'Adriatico; un teatro che, fondato nel 1708, successivamente crollò. A Manfredonia vi era anche un mercato periodico e due fiere annuali. Queste ultime furono istituite da Carlo II nel 1292. Numerose opere pie vennero inoltre create e si provvide anche alla fondazione di un seminario.
La città era amministrata da un Parlamento; la giustizia veniva regolata da due giudici, di cui il primo chiamavasi Pretore o Regio Protontino, e l'altro Camerlengo o Mastrogiurato.
Poichè Manfredonia, malgrado le sue fortificazioni, appariva sempre esposta agli assalti degli avventurieri del mare, Manfredi volle fornirla di uno speciale mezzo di difesa, e come narra il cronista Matteo Spinelli da Giovinazzo, allorchè fu eretto il campanile della prima cattedrale, ordinò «che se facesse una campana grossissima che se senta cinquanta miglia dintro terra e tale che haveria potuto venire soccurso se Manfredonia fosse stata assaltata da nemici mentre è poco abitata, e da chella hora se dicette che lo Re volia capare de le terre grosse de tutta Puglia tante casate per terra, per fare Manfredonia terra di 3000 fuochi». Secondo il desiderio del Re la campana fu fusa nel 1263, e Manfredi si recò a sentirla suonare. Ma non fu soddisfatto poichè il suono non giungeva tanto lontano come desiderava. La fece quindi rifondere; ma come Carlo I successe a Manfredi, la campana emigrò al Santuario di San Nicola di Bari, fino al giorno in cui venne rifusa per batterne moneta.