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 Con questa annessione perpetua all'Ordine Teutonico, la chiesa di San Leonardo col monastero ed ospizio entrò nella storia della Balìa di Puglia, come una casa secondaria, dove ebbe la sua residenza il Praeceptor con alcuni frati.
Continuò così ad esistervi la «conventualità», che durò fino alla seconda metà del secolo XV.
Cessava, intanto, la dominazione sveva con la morte di re Manfredi (1266), da cui si era iniziata la fondazione della nuova Siponto — Sypontum Novellum — com'è precisata la denominazione nei documenti notarili, per la «topica» dov'erano redatti. Dopo, la nuova città si disse «Manfridonia» e poi Manfredonia. 
Nel primo periodo angioino amministrò il monastero di San Leonardo, per qualche tempo, frate Enrico «de Bolesara» della stessa casa ospedaliera di Barletta, il quale aveva cura anche delle grancie.
Perciò lo troviamo in Vico Garganico nel marzo 1264 per dare in enfiteusi tutti i beni della chiesa di S. Pietro, ossia alcune terre e diverse abitazioni, al giudice Gualtieri, vita sua durante, con l'onere di dover ospitare chiunque dei Prati Teutonici vi si fosse recato.
Censiva nel maggio dell'anno successivo una casa al canonico Landolfo della Chiesa garganica a Monte Sant'Angelo.
E nel luglio 1266 rinnovava un'enfiteusi a Foggia, con l'annuo censo da pagarsi nella festa del Beato Leonardo, in novembre, com'è precisato anche in un altro documento del dicembre 1270.
 Frate Balduino, da precettore della casa di San Leonardo, il 5 dicembre dello stesso anno concedeva temporaneamente a Vito «de Petro de Capua de Siponto», in riconoscimento dei servizi resi alla chiesa di S. Leonardo, un uccellatolo (formam unam aquarum ubi capiuntur aves) e alcune terre, lavorative e incolte, confinanti con la via pubblica e le tribune (tribunas) della chiesa di San Leonardo.
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